「スキルルート」で開発・生産した特殊スキルは、インターミッションのメニュー「スキルプログラム」の「スキル修得」で任意のパイロットに修得させることが出来ます。なお、特殊スキルはパイロット１人につき最大３０個まで修得可能です。

ただし、画面写真にある「艦隊指揮」や「指揮官」のように特定のパイロットが最初から修得している特殊スキルも複数存在しています。なお、それらは「スキルルート」で開発・生産することが出来ません。

「スキルルート」の「パラメータ系ＰＧ」で生産したスキルプログラムは、インターミッションメニュー「スキルプログラム」の「パラメータ上昇」で任意のパイロットに設定することが出来ます。